A Assembleia tem o papel de possibilitar a manifestação sobre todos os assuntos que os diferentes órgãos da escola entendam submeter à sua consideração; refletir por sua própria iniciativa sobre os problemas da escola e sugerir para eles as soluções mais adequadas; apresentar, apreciar e aprovar propostas que visem melhorar a organização e o funcionamento da escola; aprovar o código de direitos e deveres dos alunos; e aprovar o Guia de Responsabilidades - cada aluno possui uma responsabilidade dentro da escola, como arrumar a mesa do refeitório, cuidar do jardim, organizar a biblioteca - e supervisionar o exercício das mesmas.

São os próprios alunos que organizam e dirigem a assembleia. Alunos, famílias, professores, funcionários e a comunidade em geral votam de dois em dois anos para aqueles que o representarão na escola e que terão, como primeira tarefa, organizar e dirigir a assembleia. Estes representantes são o prefeito, vice e vereadores da escola, que são alunos desta.

Por meio da assembleia, que acontece quinzenalmente, origina-se uma gestão democrática dentro da escola, começando pelos própios alunos. Há votação para cada assunto tratado, porém há sempre a discussão prévia para cada caso, chegando ao consenso estabelecido pelo coletivo.

Este momento de assembleia gera e dinamiza toda a Escola Maria Peregrina.